从科研事业单位整体转型为科技型企业，这对四川建科院来说是一个根本性的转折。改为企业后，“向何处发展、科研还要不要搞、怎么进行现代企业管理”等问题接踵而来。经过不断地讨论、研究和实践，最终统一了思想，提出“员富院强和多出人才、多出成果、多出效益”的规划目标，以及“科技与创新是立院之本，开发和技术服务是生存之源，发展和改革是强院之动力”的发展思路。

为积极应对市场竞争，四川建科院遵循“削枝强干”与“发挥主业优势”的核心理念，对组织架构进行了系统性的调整与优化。如：2001年合并电测室与力学结构室，成立工程测试研究所；2002年撤销幼儿园与劳动服务公司；2007年撤销设计分院，新设设计一所与设计二所。另根据发展需要设立了岩土工程研究所、加固技术研究所、建筑节能研究所。

除此之外，四川建科院陆续取得建筑工程甲级、工程咨询、四川省项目管理、市政行业设计、测绘等资质，业务范围的扩大，使公司在市场竞争中逐步站稳脚跟。同时，因强大的研发和技术创新能力，四川建科院于2017年通过国家高新技术企业认定，在科研创新路上继续稳健前行。

在2015年至2017年间，由四川建科院自主进行勘察、设计、监理，将公司主要办公楼——科技楼打造成为西南地区首个既有建筑改造“绿色三星”认证建筑。科技楼改扩建是一个既加层，又增跨，更兼扩建的高、特、难项目，结构评定、结构承载、结构防震、构件连接等结构问题错综复杂，通过系统分析、设计、改造，最终将科技楼从十一层改扩建增至十三层，建筑面积增加71.8%，建筑实际能耗值约35kWh/（㎡·a），相比于同类节能建筑能耗值降低55%，水耗降低30%。项目陆续取得“华夏好建筑”“超低能耗建筑”称号，还被住建部评选为“全国绿色建筑创新二等奖”。

在制度建设方面，初步建立了科研相关的项目管理、经费管理、科技奖励等管理制度，规范了管理流程，极大地激发了科研人员的创造性。同时，组建了科研及技术委员会，为科研、技术服务工作提供技术支持。在科研立项方面，共新立科研课题148项，包括国家级课题11项、省部级课题50项，涵盖建筑结构、建筑材料、建筑施工、建筑抗震和建筑节能等方面，获得外部科研经费近五千万元。在科技成果方面，共获得各级奖励45项，包括省科技进步奖24项、华夏建设科学技术奖6项；共获国家授权专利108项，包括发明专利15项。在标准编制方面，主编了国家标准8项，参编国家标准18项，编制行业标准16项、地方标准46项、协会标准8项，形成了全方位、多层次的标准体系，展现了深厚的行业影响力和技术实力。